Die meisten Auszeichnungssprachen verfügen über Befehle, mit denen man sehr einfach Zeichen hoch- oder tiefstellen kann. In HTML sind das beispielsweise <sub> oder <sup> und auch für die frei verfügbare Klasse FPDF gibt es eine Erweiterung, die diese Funktion ermöglicht. In der PDFlib gibt keine Befehle die dies erlauben würden.
Möglicherweise sind Sie aber gezwungen Zeichen tiefzustellen, weil in den Texten Begriffe oder Einheiten gesetzt werden müssen, wie CO2, H2O oder m2. Dann müssen Sie eine moderne OpenType-Schrift (OTF) dafür verwenden. Diese Schriften beinhalten typischerweise eigene Superscript- und Subscript-Zeichen, die Sie einfach ohne zusätzliche Befehle einfach im Text verwenden können.
$str = "Für den Emissionsausgleich werden CO₂-Minderungszertifikate aus folgendem, nach dem Gold Standard zertifizierten Projekt...";
$tf = $p->create_textflow($str, $optlist);
if ($tf == 0) throw new Exception("Error: " . $p->get_errmsg());
$result = $p->fit_textflow($tf, 125, 281.4, 148, 291.4, $optlist);